Pierwszy kościół św. Jakuba Ap. został zbudowany w 1582 r. przez Jakuba Zalejskiego. Był to kościół drewniany, usytuowany przy drodze polnej wiodącej z Częstochowy na Jasną Górę. Przy kościele mieścił się przytułek dla chorych pielgrzymów. Potwierdzają to bardzo stare akta (munimenta conventus oppidi czenstochoviensis deposita in Claro Monte Czenstochoviensi ex mandato adm. R. P. Provincialis) z końca siedemnastego wieku, w których jest spis wszystkich dokumentów, dotyczących klasztoru i Częstochowy od r. 1474 do 1682. W tym spisie dokumentów znajduje się następująca notatka: „W roku Pańskim 1586 poddanie kościoła ze szpitalem pod Jasną Górą w opiekę miasta Częstochowy przez Jakuba Zalejskiego…” To samo stwierdzają akta wizytacyjne z r. 1782, w których pod tytułem „summarjusz praw i dokumentów szpitala pod tytułem św. Jakuba” są wyliczone liczne zapisy na rzecz szpitala św. Jakuba.
Z upływem lat ząb czasu mocno zniszczył tę pożyteczną placówkę. W tej sytuacji Ojciec Andrzej Gołdonowski, prowincjał OO paulinów, postanowił, aby rozebrano ten mocno zniszczony kościół. Dzięki jego staraniom na tym miejscu w 1642 r. zbudowano obszerny dom dla chorych pielgrzymów oraz murowany kościół pw. św. Jakuba. W Aktach Dziekańskich na temat tego nowego kościoła czytamy: „ołtarzy w tym kościółku, drewnianych, ozdobnych, porządnych, malaturą ozdobnych trzy”. W 1786 r. przy tym kościele osiedliły się Siostry Mariawitki, które zajmowały się wychowaniem młodzieży żeńskiej oraz opieką nad chorymi. Siostry zamieszkiwały w domu usytuowanym obok kościoła (prawdopodobnie było to u zbiegu obecnych ulic Dąbrowskiego i al. NMP). Od ich domu do kościoła prowadziła dróżka wysadzana jaśminami.
W następnym stuleciu siostra Paulina Jelec, przełożona Mariawitek, podjęła starania i doprowadziła do wybudowania nowego kościoła (1861), znajdującego się nieco dalej w kierunku Jasnej Góry. Przy kościele, któremu nadano tytuł Niepokalane Serce NMP został wybudowany nowy klasztor dla sióstr. Kościół i klasztor zostały poświęcone w 1862 r. przez biskupa kujawskiego Michała Marszewskiego. Tego samego roku siostry przeprowadziły się do nowego domu. W dalszym ciągu siostry opiekowały się kościołem św. Jakuba. (Obecnie w budynkach poklasztornych mieści się liceum im. H. Sienkiewicza).
Upadek Powstania Styczniowego (1863) przyniósł ze strony zaborcy różnorodne represje. Zakon Sióstr Mariawitek, oskarżony o udział powstaniu, dekretem carskim został rozwiązany i przeniesiony do Piotrkowa do klasztoru sióstr Dominikanek. W konsekwencji tej kasaty klasztor zamieniono na progimnazjum męskie. Natomiast kościół Niep. Serca NMP i kościół św. Jakuba stały się kościołami filialnymi parafii św. Zygmunta.
W tym samym czasie w ramach podjętej wówczas reformy administracji (1864) wydzielono z powiatu wieluńskiego powiat częstochowski. Rząd rosyjski zapragnął wtedy, aby w Częstochowie również była cerkiew. Władze zaborcze szukały dla tej świątyni odpowiedniego miejsca. Spodobało się miejsce naprzeciw ratusza, gdzie stał kościół św. Jakuba. Naczelnik powiatu częstochowskiego Parmen Kaszeryninow podjął myśl, aby rozebrać kościół, a na jego miejscu wystawić cerkiew. Decyzjom zaborcy nikt nie mógł się sprzeciwić bez narażenia swojej wolności a nawet życia – „katolicka i polska ludność Częstochowy musiała bez głośnego sprzeciwu, z bólem serca, ścierpieć, że na drodze wiodącej ku Jasnej Górze stanęła cerkiew, symbol ucisku moskiewskiego” (Dzieje Kościoła św. Jakuba w Częstochowie, Częstochowa 1937). Kościół św. Jakuba został zatem rozebrany w 1869 r. Ze względu na to, że rozbiórki odmówili częstochowscy robotnicy do tej pracy wykorzystano żołnierzy i robotników przywiezionych z Rosji. Budowę cerkwi, której nadano tytuł Świętych Cyryla i Metodego rozpoczęto 10 maja 1870 r. A dnia 15 października 1872 r. warszawski archirej Joannikij dokonał jej poświęcenia.
Pierwsza wojna światowa przyniosła wiele zmian, również w Częstochowie. W 1915 r., po opuszczeniu miasta przez Rosjan, do Częstochowy weszli Niemcy. Duszpasterze cerkwi św. Cyryla i Metodego opuścili miasto, a Niemcy w cerkwi urządzili katolicki kościół dla niemieckiego wojska. 11 listopada 1918 r. Polska odzyskała niepodległość, tego samego dnia Częstochowa stała się wolna od okupanta niemieckiego. Kościół św. Cyryla i Metodego przejęli katolicy i dnia 8 grudnia 1918 r. zgodnie z instrukcjami Biskupa Włocławskiego został poświęcony przez ks. Bolesława Wróblewskiego, dziekana częstochowskiego i proboszcza par. Św. Rodziny. Pierwszym rektorem kościoła został ustanowiony ks. Józef Leśnik, prefekt Prywatnej Szkoły Szudejki. Gdy w Częstochowie powstał garnizon wojskowy w porozumieniu z ks. Wróblewskim w tym kościele rozpoczęto odprawiać nabożeństwa dla wojska. Pierwsza taka Msza św. została odprawiona 13 grudnia 1918 r. Kolejnymi rektorami kościoła byli: od 29 XII 1918 r. ks. Tadeusz Peche, a od 15 II 1923 r. ks. Wojciech Mondry. Kiedy ten ostatni był rektorem kościoła dnia 10 II 1925 r. został zawarty konkordat między Stolicą Apostolską a Rzeczpospolitą Polską. 28 X 1925 roku Stolica Apostolska bullą „Vixdum Poloniae unitas” utworzyła częstochowską diecezję i kościół św. Jakuba przeszedł pod jurysdykcję pierwszego biskupa częstochowskiego Teodora Kubiny. Kościół św. Jakuba miał status kościoła rektorackiego i jednocześnie kościoła garnizonowego dla polskiego wojska. Później Biskup Częstochowski Teodor Kubina dnia 28 sierpnia 1937 r. przy kościele św. Jakuba erygował pod takim samym wezwaniem parafię. Jej pierwszym proboszczem został zamianowany dotychczasowy rektor kościoła ks. Wojciech Mondry. A duszpasterstwo wojskowe zostało zorganizowane jako parafia Św. Stanisława Kostki, której kolejni kapelani w porozumieniu z proboszczem kościoła korzystali z niego i odprawiali nabożeństwa dla wojska.
Po powstaniu diecezji częstochowskiej pierwszy jej biskup Teodor Kubina widział konieczność przebudowy kościoła św. Jakuba, aby przekształcić kościół św. Jakuba na symbol zmartwychwstałej katolickiej Polski. Jednak dokończenie katedry, budowa Seminarium Duchownego, Domu Księży Emerytów, były pierwszoplanowymi inwestycjami dla nowej diecezji i miasta. Przystąpiono zatem do gruntownego remontu. W 1930 r. kosztem 20 tys. złotych zebranych z ofiar katolików śródmieścia przeprowadzono remont całego wnętrza i ozdobiono je nową malaturą, oraz wybudowano chór żelbetonowy. Dzięki temu wnętrze kościoła straciło wygląd cerkiewny i kościół stał się miłym, chętnie i licznie odwiedzanym przez katolików śródmieścia. W 1937 roku powrócono do sprawy budowy nowego kościoła z okazji pobytu w Częstochowie premiera rządu p. gen. Sławoja Składkowskiego, który wyraził chęć przystąpienia do Komitetu Przebudowy kościoła. Projekt budowy kościoła przygotował p. arch. Zygmunt Gawlik z Krakowa. Jednak ten jego plan nie otrzymał zatwierdzenia i w połowie 1939 r. p. arch. Gawlik przedstawił drugi projekt, który 18 lipca 1939 r. został zatwierdzony.
W sierpniu 1939 r. rozpoczęto roboty ziemne. Jednak wszelkie prace zostały przerwane z chwilą wybuchu II wojny światowej. Niemcy, uważając wykonane już częściowo wykopy pod fundamenty za rowy obronne, zasypali je, posługując się rękami żydowskich robotników, przymuszonych do pracy.
W czasie niemieckiej okupacji 1 lutego 1943 r. kościół św. Jakuba został przez Niemców zabrany katolikom i oddany nielicznej grupie prawosławnych na ich usilne starania. Niemcy w związku z pogarszającą się sytuacją militarną na froncie wschodnim zaczęli tworzyć pomocnicze oddziały wojskowe złożone głównie z ludności ukraińskiej, również w Częstochowie (Stalag 367). Ta okoliczność sprawiła, że władze okupacyjne zabrały kościół parafii katolickiej i przekazały parafii prawosławnej. Na skutek takiej decyzji parafia św. Jakuba przeniosła się z nabożeństwami do kościoła filialnego p.w. Najśw. Imienia Maryi. Po zakończeniu II wojny światowej parafia dalej korzystała z kościoła Najśw. Imienia Maryi. Naczelny Dowódca Wojska Polskiego Marszałek Rola-Żymirski dnia 31 maja 1946 r. wydał rozkaz, mocą którego wszystkie kościoły garnizonowe winny być zwrócone Wojsku Polskiemu. Na mocy tego rozkazu 9 lipca 1946 r. w Komendzie Garnizonu w Częstochowie odbyło się przekazanie kościoła św. Jakuba polskim władzom wojskowym. Parafia podjęła starania, aby powrócić do kościoła, który przed wojną pozostawał w jej administracji. Starania zakończyły się powodzeniem i 2 marca 1947 r. kościół wrócił do parafii. W jesieni 1948 r. usunięto z kościoła cebulowate kopuły prawosławne i nadano świątyni na zewnątrz wygląd kościoła katolickiego.
Rok 1956 (październik) dla Kościoła w Polsce, który doznał wiele represji w tzw. okresie stalinowskim, przyniósł pewne pozytywne zmiany. Prymas Stefan Wyszyński został uwolniony z odosobnienia, a Kościół uzyskał nieco większe swobody. Parafia św. Jakuba (22 października) podjęła starania o budowę nowego kościoła. Z inicjatywy Kurii Diecezjalnej podjęto też starania o kupno placu na budowę Domu parafialnego, którego parafia nie posiadała. Księża mieszkali w wynajętym domu przy ul. Kilińskiego 13. Po nabyciu placu pod budowę przy ul. Kilińskiego 8 (akt notarialny z 2 II 1957 r.). i po uzyskaniu zezwolenia (20 IV 1957 r.) w dniu 15 maja 1957 r. rozpoczęto budowę od wykopów pod fundamenty nowego domu. Dnia 1 VII 1957 r. do parafii przyszedł ks. Tadeusz Ojrzyński, który jako wikariusz pomocniczy z prawem następstwa na urząd proboszcza, kontynuował prace budowlane, prowadząc równocześnie starania o budowę nowego kościoła. Główny architekt miejski w sprawie budowy nowego kościoła zwołał (21 III 1957) Miejską Komisję Urbanistyczno-Architektoniczną z udziałem przedstawicieli SARP-u oraz przedstawiciela ministerialnej władzy budowlanej z Warszawy. Komisja uznała, że przedłożony przez parafię projekt nie nadaje się do realizacji. Ustalono konieczność przeprowadzenia ogólnopolskiego konkursu na projekt budowy kościoła. Rada Parafialna jak i Kuria Diecezjalna wyraziły na to zgodę. Konkurs zakończył się w lutym 1958 roku. Autorami zwycięskiego projektu byli architekci Jacek Burzyński i Wiktor Jaśkiewicz, pracownicy naukowi Politechniki Wrocławskiej. 
Popaździernikowa odwilż okazała się krótkotrwała. Od września 1959 r. z powrotem usunięto nauczanie religii z prawie wszystkich częstochowskich szkół. Dalsze starania o zezwolenie na budowę nowego kościoła okazały się daremne, mimo wszechstronnych starań i próśb kierowanych do różnych urzędów a także do I Sekretarza Partii Władysława Gomułki z podpisami wiernych.
Urząd do Spraw Wyznań w Warszawie 16 grudnia 1959 r. , do którego odwołał się ks. proboszcz nadesłał pismo, w którym wyjaśnił, że ta budowa nie jest konieczna – „w wytworzonej obecnie sytuacji budowlanej władze państwowe nie mogą kierować się tego rodzaju względami z uwagi na to, że każda cegła, tona żelaza, cementu, czy też innych materiałów budowlanych może być przeznaczona na budowę, jak to już w niniejszym piśmie wspomniano – budynków najbardziej niezbędnych, takich jak np. mieszkania dla robotników, szkoły dla dzieci itp.”. Wszelkie dalsze starania o budowę nowego kościoła spełzły na niczym.
W latach 1957-1960 wybudowano przy parafii dom parafialny, którego parafia dotąd nie miała. Rozwiązał on sprawę mieszkań dla księży oraz problem sal katechetycznych. Ponieważ nie było nadziei na budowę nowego kościoła staraniem ks. T. Ojrzyńskiego, już jako proboszcza, w latach 1969-1974 przeprowadzono gruntowny remont kościoła, urządzono jego wnętrze, dano polichromię technikami: sgraffito i al fresco, którą wykonały artystki mgr Maria Kozłowska i Zofia Szczerba. Urządzono w podziemiach kościoła zakrystię, dano nowe granitowe schody przy wszystkich wejściach do kościoła.
Następny proboszcz ks. Henryk Bąbiński (1979-1993) w r. 1981 w środkowej części podziemia kościoła urządził kaplicę. Jego staraniem kupiono duży plac przy ul. Okólnej 113 dla projektowanej nowej parafii Nawiedzenia NMP. W latach 1982-83 zmieniono zniszczoną konstrukcję dachu kościoła a kościół przykryto blachą miedzianą. W latach 1986-87 wybudowano jednopiętrowy, duży dom gospodarczy. W roku 1991 otynkowano na nowo budynek plebanii przy ul. Kilińskiego 8. W 1991 r. biskup Stanisław Nowak wyłączył z terenu parafii nową jednostkę duszpasterską – parafię Najświętszego Ciała i Krwi Chrystusa. Jesienią 1991 i wiosną 1992 zamontowano w kościele św. Jakuba cztery nowe witraże, przedstawiające proroków Starego Testamentu: Dawida, Izajasza, Jeremiasza i Daniela. Kościół katolicki odzyskał, pod względem prawnym, własność świątyni i działki ziemi nr 16/13 o powierzchni 0,7677 ha, przy Al. NMP 44, nr księgi wieczystej 66244, na podstawie decyzji wojewody częstochowskiego z dnia 30 kwietnia 1992 r., nr SO-IV-5710/7/92.
Staraniem kolejnego proboszcza – ks. Józefa Franelaka w 1994 r. przeprowadzono izolację fundamentów, remont zakrystii. W następnych latach założono nowe nagłośnienie i zainstalowano aparaturę elektryczną sterowania dzwonami (1995), oświetlono plac kościelny i samą bryłę świątyni (1996), przeprowadzono renowację polichromii świątyni, krzesła wymieniono na dębowe ławy. Pod ławami zainstalowano ogrzewanie elektryczne, zmodernizowano oświetlenie wnętrza (1997). 19 października 1997 r. abp St. Nowak dokonał uroczystego poświęcenia kościoła (konsekracji). W 1998 r. powiększono powierzchnię użytkową dolnej kaplicy, położono tam nową posadzkę, uzupełniono boazerię i meble. W 1999 r. wyłożono kostką granitową ciągi pieszych przy kościele i na placu kościelnym, umocniono ogrodzenie, zamontowano nowe ławki przy kościele, uporządkowano cały plac. Przeprowadzono prace ubogacające wystrój dolnej kaplicy przygotowując ją do wieczystej adoracji (elementy architektoniczne przedniej ściany i ołtarz wystawienia z marmuru, nowe ławki, ogrzewanie promiennikowe). Poświęcona kaplica i zainaugurowana wieczysta adoracja Najświętszej Eucharystii przez arcybiskupa Stanisława Nowaka 9 kwietnia 2000 r. jest pomnikiem i darem parafii na Jubileusz roku 2000 (dekret z 06.04.2000).19.12.2000r. J. E. Ks. Arcybiskup Stanisław Nowak powołał nową parafię p.w. Narodzenia Pańskiego w Częstochowie, do której przeszli z par. Św. Jakuba mieszkańcy al. Wolności 2-10. Dekretem J. E. Ks. Arcybiskupa Stanisława Nowaka (22.12.2000) zostały zmienione granice parafii Św. Jakuba w Częstochowie. Do par. Św. Stanisława Kostki zostali przyłączeni mieszkańcy: al. NMP 73, 75, 77, 79, 81; ul. Pułaskiego 1/3; ul. Stryjeńskiej – cała, obie strony; ul. Szymanowskiego 22A, 24.
Odnośnie prac remontowych należy odnotować, że w roku 2001 zostały gruntownie odnowione i pomalowane zewnętrzne elewacje kościoła parafialnego, dzięki którym kościół nabrał jasnego i ciepłego kolorytu. Stał się przez to dobrą wizytówką naszego miasta. W roku 2002 zakończono prace przy renowacji bryły kościoła i przystąpiono do gruntownej renowacji drzwi wejściowych, które zakończono w roku 2003. W roku 2003, w dniach 28 i 29 maja parafia przeżyła historyczne wydarzenie, nawiedzenie Obrazu Jezusa Miłosiernego. Od wielu lat nie notowano tak wielkiej liczby uczestników uroczystości. W połowie roku 2004 przystąpiono do generalnego remontu Domu Parafialnego przy ul. Kilińskiego 8 (wymiana wszystkich okien, instalacji CO i wodociągowej, ocieplenie zewnętrznej elewacji budynku). Pobudowano nowe tablice przy kościele na informacje parafialne. W roku 2010, który był rokiem św. Jakuba Ap. na placu kościelnym wystawiono figurę św. Jakuba Ap. wykonaną z piaskowca, którą pobłogosławił Ks. Arcybiskup Stanisław Nowak w uroczystość św. Jakuba 25 lipca.
Staraniem Ks. Stanisława Mendakiewicza w 2011 roku dokonano bieżących napraw dachu domu parafialnego. W dniach 21 – 22 października 2011r. parafia przeżywała misje ewangelizacyjne i peregrynacje relikwii Krzyża Św. W 2012r. wybrukowano kostką podwórko z tyłu domu parafialnego oraz podłączono odpływ wody ściekowej. W 2013 r. naprawiono cztery wieżyczki kościoła, uzupełniono braki elewacji i założono siatki chroniące przed gołębiami, poddano renowacji meble zakrystii. W 2014 r. wymieniono szyby w dwóch zewnętrznych oknach nad wejściem od Pl. Biegańskiego. W parafii powstało Bractwo Rodziny Szkaplerznej. W roku 2015 poddano renowacji parkan wokół placu kościelnego i dobudowano brakującą część od ul. Kilińskiego.
Staraniem kolejnego proboszcza Ks. Kazimierza Zalewskiego w 2017r. przystąpiono do gruntownej modernizacji i odnowienia wnętrza domu parafialnego: przebudowano i odnowiono refektarz i całe I piętro obiektu, na parterze urządzono dwie nowe sale dla wspólnot parafialnych wraz z zapleczem kuchennym i łazienkami, oddano pomieszczenie na potrzeby kancelarii parafialnej. Parafia podjęła starania o dofinansowanie renowacji parafialnego kościoła. W 2018r. planuje się odwodnienie i osuszenie podziemnej kondygnacji świątyni.